Um dia, Shinji Ikari é recrutado por seu pai, Gendo, para a misteriosa organização NERV. Ele é jogado em um mundo ameaçado por seres monstruosos conhecidos como Anjos. Shinji, junto com outros adolescentes, Rei Ayanami e Asuka Sohryu, são os únicos capazes de pilotar as gigantescas máquinas biomecânicas chamadas Evangelions e combater os Anjos. No entanto, a batalha contra os Anjos é apenas a superfície. À medida que a luta continua, os pilotos são chamados para entender a causa final dos eventos e os motivos por trás das ações humanas. Eles são forçados a enfrentar suas próprias emoções e experiências, levando a questionamentos sobre a realidade e a existência. É então quando Shinji é confrontado com a verdade sobre os Evangelions e a NERV, e ele deve fazer tudo o que puder para deter os Anjos e reestabelecer a paz.